Di Akademi Ninjutsu, Doi mengajar ninja muda yang dikenal sebagai "Nintama." Suatu hari, ia pergi berperang melawan ninja dari klan saingan, tetapi menghilang tanpa jejak. Para Nintama khawatir akan keselamatan Doi, terutama Sendaru, seorang yatim piatu perang yang tinggal bersamanya. Pada saat yang sama, Akademi menerima berita yang meresahkan bahwa saingan mereka di Kastil Dokutake mungkin sedang merencanakan sesuatu. Para ninja yang lebih tua menyusup ke kastil untuk menyelidiki, tetapi mereka dihentikan oleh Tenki, yang wajahnya identik dengan Doi. At the Ninjutsu Academy, Doi teaches young ninjas known as "Nintama." One day, he goes out for a battle against a ninja from the rival clan, but vanishes without a trace. The Nintamas worry for Doi's safety, especially Kirimaru, a war orphan who lives with him. At the same time, the Academy receives troubling news that their rivals at Dokutake Castle may be scheming something. The older ninjas infiltrate the castle to investigate, but they are stopped by Tenki, whose face is identical to Doi.